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양도세 중과 재개 임박…장특공제 손질 포함 세제 개편 수면 위

김아령 기자 2026-05-03 15:03:52
지난 19일 서울 송파구 롯데월드타워에서 바라본 아파트의 모습. [사진=연합뉴스]

[경제일보] 다주택자 양도소득세 중과 유예 종료가 임박하면서 부동산 세제가 다시 조정 국면에 들어섰다. 중과세 재개를 계기로 장기보유특별공제(장특공제) 등 보유·양도 단계의 과세 체계도 개편 논의에 오를 전망이다.
 
3일 재정경제부 등에 따르면 정부는 지난 2022년 5월 10일부터 시행해온 다주택자 양도세 중과 유예를 예정대로 종료하고 5월 10일부터 중과세를 재개한다.
 
조정대상지역 내 주택을 양도할 경우 기본세율(6~45%)에 더해 2주택자는 20%포인트, 3주택 이상 보유자는 30%포인트의 중과세율이 적용된다.
 
이번 조치는 당초 유예 종료 일정에 따른 것으로 기존 과세 체계로의 복원 성격이 강하다. 다만 현 정부 출범 이후 부동산 세제의 첫 조정이라는 점에서 향후 정책 방향을 가늠할 수 있는 신호로 해석된다.
 
세제 개편 논의의 중심에는 장특공제가 있다. 현행 소득세법은 3년 이상 보유한 부동산 양도 시 보유 기간에 따라 6~30%를 공제하도록 규정하고 있다. 1가구 1주택의 경우 보유 기간과 거주 기간을 합산해 최대 80%까지 양도차익 공제가 가능하다.
 
예를 들어 10년 이상 보유하고 거주한 1주택을 양도할 경우 보유기간 공제율 40%와 거주기간 공제율 40%가 동시에 적용돼 양도차익의 80%가 과세 대상에서 제외된다. 반면 비거주 주택은 보유 기간 기준으로 최대 30% 공제가 적용된다.
 
장특공제 구조를 둘러싼 쟁점은 비거주 보유 자산에 대한 공제 적정성이다. 이재명 대통령은 과거 공개 발언에서 실거주 중심으로 공제 구조를 재정비할 필요성을 언급한 바 있다. 비거주 보유 기간에 대한 공제 축소와 거주 기간 공제 확대 방향이 검토될 수 있다는 관측이 제기된다.
 
통계에서도 공제 혜택의 편중 현상이 확인된다. 나라살림연구소가 국세청 자료를 분석한 결과 장특공제 금액의 98%가 수도권에 집중되고, 이 가운데 서울 비중이 약 90%를 차지하는 것으로 나타났다.
 
고가 주택 양도차익의 상당 부분이 공제를 통해 과세 대상에서 제외되고 있다는 점이 제도 개편 논의의 배경으로 거론된다.
 
국회에는 장특공제 구조를 변경하는 법안이 발의됐다. 무소속 최혁진 의원이 대표 발의한 개정안은 비거주 보유에 대한 공제를 제외하고 일정 기간 이상 보유 및 거주 요건을 충족한 1주택에 한해 공제를 적용하는 내용을 담고 있다.
 
진보당 윤종오 의원이 발의한 법안은 장특공제를 폐지하고 일정 한도 내 세액공제 방식으로 전환하는 방안을 제시했다.
 
다만 해당 법안들은 정부와의 공식 협의를 거친 안은 아니어서 실제 정책 반영 여부는 미정이다. 세제 개편은 입법 과정과 정부 정책 방향이 동시에 반영돼야 하는 만큼 추진 과정에서 조정 가능성이 있다.
 
보유세 개편 여부도 변수로 남아 있다. 이 대통령은 보유세에 대해 신중한 접근 필요성을 언급해왔지만, 일부 발언에서는 비업무용 부동산에 대한 부담 강화를 검토할 수 있다는 입장을 밝힌 바 있다. 투자 목적 자산에 대한 보유 부담을 높이는 방향이 논의될 가능성이 제기된다.
 
특히 이전 정부에서 완화된 종합부동산세 체계에 대한 조정 가능성도 시장에서 거론된다. 다만 보유세는 시장 영향이 큰 만큼 정책 우선순위와 시기 조정이 함께 검토될 것으로 예상된다.
 
정부는 현재 부동산 세제 전반에 대한 방향성을 검토하는 단계로, 구체적인 개편안은 확정되지 않았다. 관계 당국은 양도세 중과 재개 이후 시장 흐름을 점검한 뒤 추가 조정 여부를 판단할 계획이다.
 
세제 개편안은 이르면 오는 7월 전후 발표될 가능성이 있는 것으로 관측된다.